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以分子形式吸附在硅片表面上的典型沾污雜質，主要是天然或合成油脂、樹脂和油類等物質。在襯底制備中的切、磨、拋引入的雜質多屬于此種類型。此外，操作者手指上的油脂，光刻膠以及有機溶劑的殘渣等也均屬于這一類型。
分子型雜質吸收的特點是它們與硅片表面的接觸通常是依靠靜電引力來維持，是一種物理吸附現(xiàn)象。由于天然或合成油脂、樹脂和油類的分子一般以非極性分子存在，它是靠雜質的中性分子與硅片表面硅原子沒有被平衡的那部分剩余力相互吸引而結合的。結合的力與分子型晶體結構中分子與分子間存在的范德瓦耳斯力是一樣的。這種吸引力比較弱，它隨著分子間距的增加很快被削弱，所以這種力所涉及的范圍只不過在2～3×10－8厘米（即2－3埃）左右，也就是象分子直徑那么大小的距離，因此要徹底清除這些分子型雜質是比較容易的。分子型雜質的另一個重要特點是，大多是不溶于水的有機化合物，當它們吸附在硅片表面時將使硅片表面呈現(xiàn)疏水性，從而妨礙了去離子水或酸、堿溶液與硅片表面的有效接觸，使得去離子水或酸．堿溶液無法與硅片表面或其它雜質粒子相互作用，因此無法進行有效的化學清洗。

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